据车管所介绍，车辆在定型、出厂时都经过试车和碰撞试验，经过国家质量技术监督部门检验合格，如果私改天窗，会改变车辆原车的整体结构和设计的安全技术参数。而出厂时带有天窗的机动车在设计时加装了横、纵梁龙骨，以保证车辆的安全技术性能，并且也是经过有关部门检验的产品。
另外有的机动车辆在加装天窗后，由于密封性不好，造成车内漏水，车顶严重腐蚀，这些都会影响车辆行驶安全。
开天窗后车顶整体受力会变弱
车身设计专家表示，车顶是一整体，横、纵顶梁与侧围成为一体，在车身受力时，力的传递通路已经设计好了，而天窗的切割面积相对较大，切割后势必会对车身的骨架造成破坏，对整体受力造成影响，在加装天窗时，车顶的刚度会大大降低，因力的传输通路改变，会发生很多不可预知的情况，毕竟整体被破坏，会影响到很多方面，而且很多是细微变化不易察觉。
另外，汽车的前后各有一个压溃区，车身整体是一刚性体，加了天窗后，如发生严重的碰撞事故，碰撞能量天窗是无法吸收的，主要因为天窗是固定在车顶，况且加强点又不多，发生碰撞后，天窗往往会脱落下来。
已加天窗尽量不要用加强梁进行补救中国农业大学车辆工程系龚教授表示，如已加了天窗，车主尽量不要用加强梁进行补救，虽然加了加强梁后能够减少一些车身的细微变形，但这些加强梁采用的是局部焊接，由于车顶相对较薄，焊点强度一般不会很大，所以对车顶的结构不会起到实质性的加固作用，在发生事故时这些横梁还可能成为一把把锐利的武器，会对司乘人员的安全造成直接的威胁。
不正确安装天窗会下沉
由于一般的天窗都是固定在车顶上，为了保证车顶不变形，原装天窗的汽车在车顶都要做特殊处理，一般不会对车身的结构安全造成影响；而私自加装的天窗，如果安装的不正确，车辆在经过多次颠簸后，天窗会下沉，有时也会造成车身变形。加了劣质的天窗后，出现漏水、车顶生锈、电路断开等情况也是常有的，一般出现这些问题最好的挽救办法是重新返工、对车顶的锈蚀部位和电路进行重新处理。
吉普车、跑车不适合后加天窗
吉普车、跑车等特殊的车型不适合后加天窗，由于吉普车和跑车的车顶有相对复杂的钣金结构、有的汽车车顶还有空调管路、电路、灯具等设备，所以这些车辆一般不具备后加天窗的条件。