汽车ECU改装最简单的是采用转换储存程序芯片方式，更换不同编程的芯片时，只要把ECU的背板拆开，拔掉原来的芯片再换上新的芯片便完事了，由于一些旧款的E-ROM芯片仅可写入程序一次，因此每次修改程序后都须用刻录机把程序刻入空白芯片来替换出原来的芯片。近年很多新车的ECU使用了可以多次重复读写的Flash-Rom (快闪记忆)芯片，在修改程序时不用更换空白芯片便可直接加载，较E-Rom方便多了。
但不论是哪种形式的芯片，原厂和芯片改装商设计时都会加入保护设计来防止被译码和盗拷，因此在改装时，芯片改装经销商先要把每台车的数据上传到芯片改装商去认证车身号码、ECU编号、年份/规格。在数据确定后，相关的程序才下传到经销商的电脑，技师再用刻录机把数据写入空白芯片或经原来用作连接原厂检测电脑的插口，把ECU内的Flash-Rom芯片程序更新。这种形式的ECU改装方法不会给予车迷任何的调整空间，但好处是省心省时，十分适合一些没有或只是轻度改动过发动机(包括进排气系统)的原装车。
需要注意的是，大部分人在谈到ECU改装时都只是盯着硬件上的搭配，好像换上某名牌ECU后车子便会有立竿见影的动力性能提升，这实是改装上的一大误区。ECU只是一件工具，不同的类别和品牌的差异要看你实际的需要。归根究底，改装ECU的效果要看编程人员的功力和是否有足够的测试设备(如专业用的空燃比表、测功机等)。试想，如果编程员只抱着笔记本电脑，坐在副驾位置和车主在公路上一边“生死时速”，一边凭感觉去调校供油量和点火正时，这不但危险而且也不科学，调出来的效果可能比原来还要差(当然在一般街车的改装程度上，这种方法也是基本可取的)。而在赛车场上，你常看到工程师现场用手提电脑调校程序，这是在原有改装程序上根据天气、赛道情况的程序细微调整，但不会偏离原改装程序太多。
事实上改装ECU的最大成本并不在硬件而是在软件，要开发一套完全根据个别改装车情况量身定做的ECU程序，需要一名资深编程员连同其他技术人员在测功机上工作一整天甚至是更长时间。说到底，如果调校技术不过硬，或是专业设备不足，应采用一些著名品牌的芯片或沿用外挂式附加电脑的随机程序，这些可能并不是最理想的ECU改装，但绝对是最保险和最合乎成本效益的方法。