·如果 MFT 根文件夹碎片较多，则可能会出现此问题。如果 MFT 根文件夹包含多个文件，则 MFT 就会变得非常零碎，以至于需要另外创建一个分配索引。因为文件是按字母顺序映射到分配索引中的，NTLDR 文件可能会被推到第二个分配索引中。如果发生此现象，就会看到NTLDR is missing Press CTRL+ALT+DEL to restart.描述的错误信息。
一般情况下不将文件写入根文件夹。如果一个程序定期在根文件夹中创建和删除临时文件，或者将许多文件误复制到根文件夹，就会造成这一情况。
这个问题是在您将多个文件复制到使用 NTFS 文件系统的启动卷的根文件夹后出现，这个问题已经在Windows 2000 SP4中解决。所以，请您检查您的SP状态。 至于解决的方法：
使用恢复控制台
1.. 使用 Windows 2000 安装盘重新启动计算机，或使用 Windows 2000 光盘重新启动计算机。
2.. 在“欢迎使用安装程序”屏上，按 R 键修复 Windows 2000 安装。
3.. 按 C 键通过使用“恢复控制台”修复 Windows 2000 安装。
4.. 键入与要修复的 Windows 安装对应的数字，然后按 Enter 键。例如，键入 1，然后按 Enter 键。有关其他信息，请单击下面的文章编号，以查看 Microsoft 知识库中相应的文章： 键入管理员密码，然后按 Enter 键。
5.. 键入 map，然后按 ENTER 键。记下分配给包含 Windows 2000 光盘的 CD-ROM驱动器的驱动器号。
6.. 键入以下命令，在键入每个命令后按 ENTER 键，其中 drive 是您在本文“方法
2：使用恢复控制台”中的第 4 步键入的驱动器号：
copy drive:\i386\ntldr c:\
copy drive:\i386\ntdetect.com c:\
如果系统提示您覆盖现有文件，请键入 y，然后按 Enter 键。
注意：在这些命令中，ntldr 和 c:\ 之间以及 ntdetect.com 和 c:\ 之间各有一个空格。
7.. 键入下面的命令，然后按 ENTER 键：
type c:\Boot.ini
出现一个类似如下的列表：
[boot loader]
timeout=30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT="Microsoft Windows 2000 Professional" /fastdetect
如果收到以下消息，则 Boot.ini 文件可能丢失或损坏：
The system cannot find the file or directory specified.
8.. 如果 Boot.ini 文件丢失或损坏，请创建一个新的。为此，请按照下列步骤操作：
1.. 使用文本编辑器，如记事本或 Edit.com 创建一个类似于以下内容的启动加载程序文件：
[boot loader]
timeout=30
default=multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT
[operating systems]
multi(0)disk(0)rdisk(0)partition(1)\WINNT="Microsoft Windows 2000 Professional" /fastdetect有关其他信息，请单击下面的文章编号，以查看 Microsoft 知识库中相应的文章： 102873 BOOT.INI and ARC Path Naming Conventions and Usage
301680 HOW TO：Create a Boot Disk for an NTFS or FAT Partition in Windows
2.. 将该文件作为 Boot.ini 保存到磁盘。
注意：如果您是使用记事本创建的文件，请确保 .txt 扩展名没有附加在Boot.ini 文件名后面。
3.. 在恢复控制台命令提示符下键入下面的命令，将 Boot.ini 文件从软盘复制到计算机：
copy a:\Boot.ini c:\
9.. 键入 exit，然后按 ENTER 键。计算机将会重新启动